小三通是於2001年1月1日，海峽兩岸實施的小型三通模式，實現兩岸小規模的通商﹑通航和通郵。
背景
基於當時兩岸仍在意識形態上有重大的分歧，重現三通的機會極微，但實際上兩岸居間在福建沿海和金馬地區早已有經濟上的交往。1992年3月中國福建省提出「兩門對開，兩馬先行」的「小三通」構想。這是由於「兩門」（即大陸的廈門和台灣的金門）和「兩馬」（即大陸的馬尾港和台灣的馬祖）均只是相距咫尺的地方，在此進行小規模的「三通」是可以說是在當時的限制中，帶來有利於兩岸民間發展的辦法。
初步的小三通構想，是在馬尾﹑廈門﹑湄洲灣興建供兩岸直航的專用碼頭，在廈門﹑金門兩島間舖設海底電纜，和准許到大陸的台灣人在福州﹑廈門兩機場辦落地簽證。
小三通構想
小三通的實施
1994年1月由中國大陸片面地實施《關於對台灣地區小額貿易的管理辦法》，指定福建﹑浙江﹑江蘇﹑上海﹑山東等東南沿海口岸，由台灣居民和大陸對台小額貿易公司進行「小額貿易」，「小額貿易」並不等於一般性的進出口業務。大陸當局將這種小額貿易定性為非官方的直接貿易和經济交流。
小三通——通商
1994年6月由金馬愛鄉聯盟提出《金馬與大陸小三通說帖》，表達希望能以「單向通航」﹑「定點直航」或「先海後空」﹑「現貨後客」等方式，漸漸進行小三通。
1997年4月19日，兩岸開始進行高雄與福州﹑廈門間的「不通關﹑不入境」的境外通航。
及至2000年3月21日，台灣的立法院通過《離島建設條例》第18條，訂明「為促進離島（指澎金馬地區）發展，在台灣本島與大陸地區全面通航之前，得先行試辦金門﹑馬祖﹑澎湖地區與大陸地區通航」（俗稱小三通條款），條例於同年4月5日實施。
2000年12月13日，台灣行政院根據《離島建設條例》通過《試辦金門馬祖與大陸地區通航實施辦法》，以作為小三通的管理依據。並於2001年1月1日開始實施，定點定時的貨客運通航。目前有「金門—廈門」、「馬祖—馬尾」、「金門—泉州」的小三通固定航班。
小三通——通航
兩岸本來希望透過小三通作試點，令兩岸全面三通能夠恢復過來。可是，基於自台灣李登輝時代後期的戒急用忍政策轉向，和繼任的陳水扁政府對中國大陸的態度，導致大陸海協會和台灣海基會的磋商陷於癱瘓，使得小三通未能引發全面三通。而小三通初期的相關配套措施，也因太匆促而不夠完善，導致使用者對小三通怨聲載道。而政府目前限制只有特定人士才能循小三通往返兩岸。
不過，小三通的確能夠加強福建和台灣之間的民間交流，可說是為日後的台商包機開設先例。從2001年開航以來，因為節省旅費旅程，逐漸成為台商往返兩岸的捷徑。2001年的旅客數只有2萬人次，目前成長到2005年的50萬人次。
小三通的影響
小三通對於金門馬祖的經濟助益其實沒有想像中的大，因為經由小三通往返兩岸者大多只是把金馬當成中繼站，並沒有在當地消費。
金馬的經濟
三不政策
三通
台商包機
台灣海峽兩岸關係
