日本外交主要建基於日美安保條約，或美日防衛協定。作為美國於亞洲最親密的同盟國，以及戰後幾十年美國對日的軍事保護，日本的外交政策順理成章地追隨美國的方向和指引。
领土纠纷主条目：釣魚台列嶼主權問題
請參閱：保钓运动位于台湾东北方向，琉球群岛西南，日本称尖阁諸岛（中華人民共和國政府称钓鱼岛或钓鱼台列島，屬台灣省管辖；中華民國政府亦稱釣魚台屬台湾省宜蘭縣管轄），现由日本实际控制。
尖阁諸岛/釣魚台列嶼主条目：南千島群島
南千島列島即千岛列岛最南端的国后、择捉、齒舞島及色丹四個岛。此四島於二战期间被苏联佔领，苏联解体后仍然由俄罗斯]控制。日本主張擁有主權。
南千島列島/北方四島主条目：獨島
日本政府主張日本拥有位于日本海的竹岛（韩国称“独岛”）的主权，但该岛现由韩国控制，韩国在这个岛上驻紮大量警察。
竹島/獨島主条目：東海油氣田問題
如果中日同時於東海主張專屬經濟區，兩者會重疊。日本主張按中間線劃界，而中國引用大陸架自然延伸原則，主張較接近日本海岸的沖繩海槽才是兩國專屬經濟區的分界。2003年中國於該區發現天然氣田。如按中間線劃界，中國是在她的一方發現油田的，但日本擔心氣田可能延伸至其專屬經濟區，故提出抗議。雙方圍繞氣田發生一連串外交衝突。
東海劃界及天然氣田開採
歷史問題主条目：日本歷史教科書問題
爭議圍繞日本國內歷史教科書對中近代及現代歷史的描述，也涉及日本文部科學省教科書檢定與採納等議題。
日本歷史教科書問題主条目：靖國神社
請參閱：遊就館被視為軍國主義象徵的靖國神社建於1869年，原稱東京招魂社，1879年命名為靖國神社。原來是為了供奉戊辰戰爭的朝廷方戰死者的神社，後來供奉了為國犧牲的日本人，即「護國英靈」的靈魂。於1978年起供奉被遠東軍事法庭定罪的甲級戰犯，稱該等人士為「昭和殉難者」。於2001年至2006年在任的前首相小泉純一郎於任期間每年參拜，中韓等國強烈抨擊日本政府歷史觀，要求停止參拜，並暫停與日本政府高層接觸。現任首相安倍晉三上任後表明不會明言會否或有否參拜，而三國政府高層隨後恢復接觸。
另外，神社旁設二戰歷史博物館遊就館，館內文字介紹極力讚揚皇軍，亦展示二戰時期日軍軍備，還展出陣亡神風敢死隊軍人的相片。2006年，於美國官員參觀並對有關美國的內容作批評後，博物館修改了指責美國的內容。[3]
靖國神社
其他主条目：沖之鳥礁
沖之島的主權屬於日本國際上並無爭議。日本主張沖之鳥為一個島並行使其周邊43萬平方公里的專屬經濟區，但中國認為它不是島，只是岩礁，指日本只可擁有其方圓十二浬的領海。
沖之鳥礁/島主条目：日本海
日本海的東部邊界北起為庫頁島、日本列島的北海道、本州和九州；西部邊界為俄羅斯；南部邊界為朝鮮半島。日本主張稱其為日本海；南北兩韓都主張稱其為東海。
日本海/東海/韓國海名稱爭議
