生物柴油（Biodiesel）又稱為生質柴油，是用未加工过的或者使用过的植物油以及动物脂肪通过不同的化学反应制备出来的一种被认为是環保的生質燃料。这种生物燃料可以像柴油一样使用。
生物柴油最普遍的制备方法是酯交换反应。由植物油和脂肪中佔主要成分的甘油三酯与醇（一般是甲醇）在催化剂存在下反应，生成脂肪酸酯。脂肪酸酯的物理和化学性质与柴油非常相近甚至更好。
原料
生产生物柴油最常用的是酯交换反应。此外还有氢化裂解、不使用催化剂的超临界方法、e-柴油、高温分解、微乳状液等方法。
酯交换反应是将植物油和甲醇或乙醇混合，生成脂肪酸酯，即生物柴油。催化剂可以是酸，也可以是碱，但是由于碱催化的转化率更高（>98%），而且常压反应，没有中间步骤，对设备的要求也低，因此一般是採用鹼催化反應。
工艺
生物柴油一般不是直接作为燃料使用；而是与普通柴油混合使用。一个公认的经验值是调和20%生物柴油 (B20)。
生質柴油另一個環保優勢，是其可降低引擎廢氣排放。生質柴油幾乎沒有含硫化物，排放的廢氣自然也沒有硫化物。研究顯示如果用20%生質柴油的比例混合的話，柴油引擎NOx排放會增加2%，但微粒排放會降低12%，碳氫化合物排放會降低20%，一氧化碳的排放會降低12%
一般认为，生物柴油的优点在于可以减少一氧化碳等废物的排放量，而且运输也比普通柴油安全。此外，研究发现，生物柴油的润滑性能很高。有趣的是，调和5%以内可以提高润滑性能，但是如果高于5%，润滑性能却不再增强。
使用
虽然生物柴油的开发作为一种替代能源被业界看好，但是却鲜有生产商业化的例子。这主要来自植物油的成本。植物油的采购、运输、储存以及提取佔了生物柴油生产的大部分成本。但是也有观点认为，由于生产生物柴油，需要大量的植物油原料，因此势必需要兴建种植园，因而可以带动相关的农业生产。
生物柴油也存在一些技术限制。由于它比普通柴油粘度高，因此在低温下会降低可用性。如同雞湯、紅燒肉放到冰箱冷藏，油脂會凝結成白色黏稠狀，學術上的名詞就叫做「雲化(cloud)」，凝結的溫度則叫做「雲點(cloud point)」。石油基柴油的雲點大約在攝氏零下15度，而100%生質柴油B100在攝氏零度時便會開始雲化，低溫時很容易堵塞汽車油路。在冬天使用生物柴油必须加入添加剂或者其他的保温措施。而在湿热环境下，长期储存生物柴油还需要考虑到抑制微生物和细菌的滋生。
生質柴油另一個劣勢，是(B100)的蘊含能量比石油基的柴油燃料低11%，最大馬力輸出大約會減少5~7%。但這個差距並不大，如果是使用5%生質柴油更幾乎沒有差別。反而是生質柴油的黏性大於石油基柴油，對燃噴射料系統和引擎元件能提供較好的潤滑性。許多車主指定使用(B2)柴油，2%生質柴油，98%石油基柴油，目的就是在幫助潤滑引擎。而前面提到美國小學生乘坐的這些大豆動力車，則是使用(B5)到(B30)的柴油。
為協助生物柴油的開發，在不少國家（如：加拿大、南韓等）都會投入生物科技工業園的發展，透過把相關物料的生產和開發的過程放在一起，以減低生物柴油的開發成本。
问题
生物柴油的大量使用會讓許多原本生產食品的農地改種植經濟作物，很可能造成糧價上漲，威脅貧窮人口：而開墾新的農地則會破壞生態。
利用廢棄物（例如廢油）生產生物柴油在環保及道德上的爭議性就少很多。
未來可能利用藻類生產生質柴油，除了技術上還需突破外，由於生產的藻類很可能是基因改造品種，因此預防這些藻類混入生態系統也是個課題。
道德及環保爭議性
Hydrocarbon Processing, Feb., 2005
汽車購買指南雜誌，2005年七月號，史丹福專欄。
