瞳孔是动物眼睛内虹膜中心的开口，为光线进入眼睛的通道。因为内部吸收的关系，外观呈黑色。
不同动物的瞳孔
人类和很多动物（除了少数鱼类）的瞳孔由不自觉的虹膜伸缩控制大小，以调节入眼内的光线强度。此称为瞳孔反射。例如，人类瞳孔在强光下直径大约1.5毫米，在暗淡光线中扩大到8毫米左右。
动物的瞳孔形状由玻璃体的光学特性、视网膜的形状和敏感度，以及物种的生存环境和需要决定。一般为圆形或缝状，有些水生动物的瞳孔则有更奇异的形状。
缝状瞳孔常见于活动在不同光线强度下的动物。在强光下，这类瞳孔缩成细缝，然而仍然允许光纤落到视网膜很大部分。开缝的方向可能与动物需要以高敏感度察觉的运动方向有关。例如家猫的瞳孔为竖立，便于察觉老鼠等猎物的横向运动。很多蛇类也是缝状瞳孔。
在用闪光灯照相的时候，瞳孔来不及及时关闭，闪光照亮眼底血管丰富的视网膜，形成红眼现象。具有“防红眼”功能的相机是预闪一次光，使瞳孔在正式闪光的时候已经达到收缩状态。
瞳孔扩散
交感神经的信号可导致扩瞳肌肉收缩，从而扩散瞳孔。面部交感神经受损可以导致单侧瞳孔缩小（Horner's syndrome）。
人类在看到引起兴趣的物品，或者兴奋的时候瞳孔也会扩大。心理学的研究发现，瞳孔大于平均的人脸，特别是女性的脸被认为更美。
阿托品等药物可以扩散瞳孔，视光学中用来消除验光过程中瞳孔反射的影响。另外LSD、可卡因等毒品也可导致瞳孔扩散。
瞳孔扩散被用来判断死亡。
瞳孔缩小
眼睛遇到强光时，虹膜括约肌（iris sphincter muscle）收缩导致瞳孔缩小以保护眼底。这个过程受脑干支配。因而医学上用失去瞳孔反射来判定死亡。
人看到厌恶或憎恨的对象的时候瞳孔会收缩。另外吗啡、海洛因等药物也会导致瞳孔缩小。
