第16师团是日本侵华战争期间的一个甲种师团，是日军在二战爆发前17个常备师团之一，装备较精良，战斗力较强。该师团违反国际战争法，是参加了南京大屠杀暴行主要日军部队之一，但其师团长中岛今朝吾因日后在远东国际军事法庭上作污点证人指证松井石根的罪行，竟获无罪释放。
兵员及军官
步兵第30旅团：旅团长佐佐木到一少将
步兵第33联队
步兵第38联队
骑兵第20联队
野炮兵第22联队
工兵第16联队
辎重兵第16联队
通信队
卫生队：第1至第4野战医院。
第16师团建制
第16师团在南京中山门一带大肆烧杀淫掠，多次纵兵冲进“国际安全区”，袭击难民营。
参加南京大屠杀的主要部队之一
太平洋战争爆发后，第16师团被编入本间雅晴中将的第14军，进攻菲律宾，参加了第一、第二次巴丹半岛攻坚战和镇压菲律宾各岛抗日活动的讨伐战，之后驻屯在菲律宾。
1944年移驻莱特岛，10月12日，美军4个师登陆莱特岛，第16师团集中兵力死守塔克罗班机场，不敌失守。日军大本营不停地向莱特派遣援军，莱特岛的攻防战持续到了1944年12月，日军损失惨重。12月15日，美军在吕宋岛附近的明德罗岛登陆。日军所规划的莱特岛决战丧失战略意义，日军大本营命令在莱特岛守军“自给自足，永久抗战”，第16师团残部退到坎基伯特山中展开游击战。战后统计，第16师团有13778名官兵参加了莱特岛战役，战死13158名，幸存仅620名，师团长牧野四郎中将在1945年8月10日被击毙。
参加太平洋战争
日军该师团老兵东史郎在1937年12月21日的日记中写道：“哭喊着的支那（中国）人被装进邮袋中，西本（日本兵）点着了火，汽油一下子燃烧起来。就在这时袋子里发出了一种无法言状的可怕的喊叫声。袋中人用浑身的力气使袋子跳了起来，自己滚动。……手榴弹在水中爆炸了，水面一下子鼓了起来，然后平静下去。”
