著作主条目：君主論
馬基維利最知名的著作是《君主論》一書，在書中馬基維利闡述了一個君主（統治者）應該要採用怎樣的統治手段才能保住自己的政權。馬基維利主要關注的是「新君主」（principe nuovo）的部分，因為世襲而來的君主由於人民已經習慣了舊政權，統治困難要比新君主要來的少。世襲君主要做的只是小心維持其既有的制度，但新君主為了維持其奪取的土地，要建構一套新的而恆久的權力架構則不是一件簡單的事。為了穩定政權，君主在公眾上必須保持完美的名聲，但在私底下則必須採取許多本質邪惡的政治手段。
與其他著作不同的是，《君主論》並沒有告訴讀者一個理想的君主或王國應該是怎麼樣子。馬基維利透過許多例子解釋了哪些君主得以成功的取得並保持權力，這些例子來自於他在擔任佛羅倫斯外交官時對各國政局的觀察，也是來自於他對於古代歷史的研究。他的著作也代表了義大利文藝復興的高潮，他在書中大量採用來自古代文獻的歷史例子。
如是不謹慎研讀馬基維利的論點，讀者經常會以為《君主論》一書的中心思想是「為達目的而可以不擇手段」—這其實是一種目的論的哲學觀點，亦即只要目的正當，所有的邪惡手段也都是正當的。然而這只是對於馬基維利的誤解，因為馬基維利也指出了邪惡手段的一些限制，首先，他指出只有維持穩定和繁榮才是國家可以追求的正當目標，個人為了其利益而不擇手段則不是正當的目標，而且也不能正當化邪惡的手段。再者，馬基維利並沒有完全否定道德的存在，也並非鼓吹完全的自私或墮落。馬基維利明白澄清了他的定義，以及採取殘忍手段的前提（必須要快速、有效、而且短期）。儘管如此，天主教會仍將《君主論》一書列入禁書名單，後來一些人道主義者如伊拉斯謨也大力抹黑這本書。
《君主論》一書在政治思想史上的主要貢獻是徹底分割了現實主義與理想主義。雖然馬基維利也強調道德的重要性，君主所應該做的是將善良與邪惡作為一種奪取權力的手段，而不是目標本身。一個聰明的君主會妥善的平衡善良與邪惡兩者。
實用主義是馬基維利在整本著作中所依據的主要原則，一個君王應該將其作為奪取和維持權力的方針指引。與柏拉圖和亞里士多德相較，「理想的社會」並不是馬基維利的目標。事實上，馬基維利強調應該在必要時使用殘忍的權力或獎賞，以維持統治的現狀。
馬基維利所假設的人性本惡也反映出他認為必須使用殘忍權力才能達成實際目標的主張。君王不該對於其臣民抱持完全的信賴和信任。
雖然許多後人將馬基維利的理論曲解為「馬基維利主義」，這一詞在當時其實是被用於描述在16世紀出出現的一些政治著作。也因此馬基維利主義一詞在現代經常被用以描述為達目的可以不擇手段，只是一個誤傳的名稱，這其實也忽略了馬基維利著作中其他較為溫和的理論，這一詞在今天甚至被人用以描述極端的政治立場。
